简单来说这个是VisualSVN基于FSFS文件系统格式扩展的。也就是说，分布式版本管理DVCS兴起之后，大家发现多个仓库的好处了，开始给SVN增加这个功能。
至于FSFS本身是SVN在2004年开始替换Berkeley DB的，是基于文件系统概念设计的，而不是基于数据库的概念，采用目录树的结构去做transaction，可以在目录外创建完一次提交，然后把完成的提交一次性移动进版本历史。另外，根据他们的数据结构，对Berkeley DB的append操作是O(N^2)的，而FSFS是O(N)的。
如果你不是太在乎私有格式，也需要多仓库同步，可以用VDFS，官方文档说了VDFS默认的service是没有启动的，所以对你日常应该没有影响。如果不喜欢私有格式，就用FSFS就好。
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