lefse分析

lefse分析LEfSe(LDAEffectSize)分析,可以用于两个或多个分组之间的比较,从而找到组间有显著性差异的物种(即biomarker),分析步骤主要分为三步:Step1:利用Kruskal-Wallis秩和检验检测所有的特征物种,通过检测不同组间的物种丰度差异,获得显著性差异物种。Step2:再利用Wilcoxon秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋同…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

LEfSe(LDA Effect Size)分析,可以用于两个或多个分组之间的比较,从而找到组间 有显著性差异的物种(即 biomarker),分析步骤主要分为三步:

Step1:利用 Kruskal-Wallis 秩和检验检测所有的特征物种,通过检测不同组间的物种丰 度差异,获得显著性差异物种。

Step2:再利用 Wilcoxon 秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋 同于同一分类级别。

Step3:最后用线性判别分析(LDA),得到最终的差异物种(即 biomarker)。

 

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请联系我们举报,一经查实,本站将立刻删除。

发布者:全栈程序员-站长,转载请注明出处:https://javaforall.net/130825.html原文链接:https://javaforall.net

(0)
全栈程序员-站长的头像全栈程序员-站长


相关推荐

  • SharePoint中的列表(List) 与Content Type 之一

    SharePoint中的列表(List) 与Content Type 之一

    2021年8月5日
    64
  • pycharm安装使用_anaconda环境变量配置

    pycharm安装使用_anaconda环境变量配置1.打开AnacondaPrompt,进入虚拟环境condaactivateTF1.142.安装pyinstaller,在anaconda中输入pipinstallPyInstaller3.在pycharm中配置pyinstaller打开Pycharm,进入settings按下图操作3.1点击ExternalTools3.2点击新建3.3输入任意名称3.4在E:\RuanJian\Anaconda\anzhuang\envs\TF1.14\Scripts\路径

    2022年8月26日
    4
  • 2.5D RGBD 图像 深度学习

    2.5D RGBD 图像 深度学习RGBD=RGB+DepthMapRGB:RGB色彩模式是工业界的一种颜色标准,是通过对红®、绿(G)、蓝(B)三个颜色通道的变化以及它们相互之间的叠加来得到各式各样的颜色的,RGB即是代表红、绿、蓝三个通道的颜色,这个标准几乎包括了人类视力所能感知的所有颜色,是目前运用最广的颜色系统之一。DepthMap:在3D计算机图形中,DepthMap(深度图)是包含与视点的场景对象的表面的距离有关的信息的图像或图像通道。其中,DepthMap类似于灰度图像,只是它的每个像素值是传感器

    2022年9月18日
    2
  • 初探sendfile「建议收藏」

    初探sendfile「建议收藏」很早就知道sendfile这个专门用来传输大文件的函数,也称为零拷贝,但一直没测试过,今天用了宿舍的网和小组内的网测试了下,发现结果和我预想的不一样。为什么效率高,网上说的也很多了,看下man手册中的内容sendfile()copiesdatabetweenonefiledescriptorandanother.Becausethiscopyingisdo

    2022年6月6日
    43
  • 数字转罗马字符串_整数转罗马数字 java

    数字转罗马字符串_整数转罗马数字 java//数字转罗马字符串//VC2008通过#include”stdafx.h”#include//数字转罗马字符串//需要保证strData空间足够//范围:1~3999voidNumberToString(intnValue,char*strData){ constchar*s1000[4]={“”,”M”,”MM”,”MMM”}; c

    2022年9月29日
    2
  • 1.23 lseek函数[通俗易懂]

    1.23 lseek函数[通俗易懂]参考:牛客网C++高薪求职项目《Linux高并发服务器开发》1.22read、write函数专属优惠链接:https://www.nowcoder.com/courses/cover/live/504?coupon=AvTPnSG

    2022年6月24日
    25

发表回复

您的邮箱地址不会被公开。 必填项已用 * 标注

关注全栈程序员社区公众号