在线作图|2分钟做Lefse分析「建议收藏」

全栈程序员-站长 • 2022年4月30日下午2:20 • 未分类 • 阅读 77

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

Lefse分析

Lefse（LDA Effect Size）分析是一种用于发现和解释高维度数据的基因、通路和分类单元相关等生物标识的分析工具，通常可以进行两个或多个分组的比较，能够找出组与组之间有差异的生物标识。在微生物多样性分析中，Lefse可用来分析微生物的组间差异，如菌群差异等等。TUTUCLOUD云平台提供在线做Lefse分析的工具，可获得LDA值分布柱状图以及特征表。
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TUTU网站工具使用

小编给大家介绍一个在线作图工具，lefse分析方法如下：
①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录；
③登录后在全部工具那一栏找到lefse分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~

上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等)；
b)丰度文件表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU、基因ID等等；
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
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参数设置

在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)
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下载文件

点击“运行”开始作图，点击“下载”保存图片或者表格（表格内容可先复制到记事本中查看）。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com/#/index), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~
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