大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。
分子模拟软件 gromacs 安装流程
(1)tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz
(2)cd lam-7.1.3
./configure –prefix=/home/lam-7.1.3 –without-fc –with-rsh=”ssh-x”
make
make install
(3)export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)
(4)cd fftw-3.1.2
./configure –enable-float –enable-mpi –prefix=/home/fftw-3.1.2
make
make install
make distclean
./configure –prefix=/home/fftw-3.1.2 –enable-mpi
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编译fftw时需要加configure参数–single(还是–float？先加一个–help看看吧！)
另外，推荐你一定要打开sse：-mfpmath=sse -msse，浮点计算速度有数倍的提升。
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(3)export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib
(4)cd gromacs-3.3.1
./configure –prefix=/home/gromacs-3.3.1 –enable-mpi
make
make install
make distclean
./configure –prefix=/home/gromacs-3.3.1 –program-suffix=_d –enable-mpi
–disable-float
(5)export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)
(6)make contrib
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