分子模拟软件amber_容天AMBER优化的GPU解决方案

分子模拟软件amber_容天AMBER优化的GPU解决方案AMBER认证的GPU系统AMBER认证GPU系统提供商容天更快地运行MD仿真容天与AMBER的主要开发商合作开发了交钥匙解决方案,为GPU加速的生物分子模拟提供增值系统。经过验证的系统,每个用户的CPU,GPU,内存和存储具有适当的平衡。从工作站到超级计算机的高度可扩展系统,具有3年保修和支持。容天AMBER优化的GPU加速系统更快地完成MD仿真并不需要花费很多。我们的AMBERG…

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。

AMBER认证的GPU系统

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AMBER认证GPU系统提供商容天更快地运行MD仿真

  • 容天与AMBER的主要开发商合作开发了交钥匙解决方案,为GPU加速的生物分子模拟提供增值系统。

  • 经过验证的系统,每个用户的CPU,GPU,内存和存储具有适当的平衡。

  • 从工作站到超级计算机的高度可扩展系统,具有3年保修和支持。

容天 AMBER优化的GPU加速系统

更快地完成MD仿真并不需要花费很多。我们的AMBER GPU工作站性价比极高。

加速Amber MD

最新的GPU硬件具有Tesla A100 、V100S、Quadro RTX 8000等,可运行更快的AMBER MD仿真。

预配置

通过示例作业提交脚本,基准测试,经过全面验证的测试套件以及最新的软件补丁,可以快速实施。

即插即用

容天系统是完全交钥匙的,可以直接使用,因此可以避免配置和设置的麻烦。

用于分子动力学的AMBER GPU系统

找到最适合您的需求

MD专用GPU工作站

双Intel Xeon性能

高端仿真工作站

SCW4000-G2

SCW4150-G2

SCW4350-G2

1个Intel Xeon 可扩展

2个Intel Xeon可扩展(金牌)

2个Intel Xeon可扩展(金牌)

2个NVIDIA Geforce/Quatro

2个NVIDIA Geforce/Quatro

4个NVIDIA Geforce/Quatro

4个16GB内存

12个16GB内存

12个32GB内存

1个512GB SSD(OS)

一个4TB HDD(数据)

1个512GB SSD(OS)

1个8TB HDD(数据)

1个512GB SSD(OS)

1个8TB HDD(数据)

适用于小型仿真的预算友好型系统。

双处理器工作站,用于更复杂的仿真。

高端处理器和内存配置可提供出色的性能。

借助容天系统提高AMBER 18性能来看到差异

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显式溶剂PME基准

»DHFR NVE HMR 4fs

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»DHFR NPT HMR 4fs

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»DHFR NVE 2fs

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»DHFR NPT 2fs

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»STMV NPT HMR 4fs

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»FactorIX NVE

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»FactorIX NPT

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»Cellulose NVE

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»Cellulose NPT

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隐式溶剂GB基准

»TRPCage

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»Myoglobin

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»Nucleosome

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容天系统中可用的AMBER 18

AMBER18软件包通过添加pmemd程序在AmberTools18上构建,该程序类似于AmberTools中的sander(分子动力学)代码,但在多个CPU上提供了更好的性能,并在GPU上显着提高了速度。

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主要的新功能包括

  • GPU上的自由能计算

  • GPU支持12-6-4离子电势

  • CPU并行性的域分解

  • 用于pmemd的微调弹性带计算(CPU和部分GPU实施)

  • 恒定的氧化还原电位计算,以补充恒定的pH模拟

  • 支持和支持NVIDIA最新的Maxwell,Pascal和Volta     GPU。

  • 适用于先进力场(包括AMOEBA)的新pmemd.gem代码

容天 AMBER认证的GPU系统

开发AMBER GPU的主要推动力是以经济的价格,高的能效以及可让最广泛的研究人员受益的系统,将超级计算机的功能和性能带入单个台式机。容天与AMBER开发团队合作,设计了一系列AMBER GPU计算解决方案,为AMBER用户提供最佳的价格性能。

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所有容天 AMBER系统都预装了最新版本和更新。每个系统都是完全交钥匙的,可以立即使用,并提供有保证的性能。这为科学家提供了一种解决方案,以获取用于运行GPU AMBER(以及常规CPU AMBER仿真)的最佳工作站和群集。

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