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微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

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微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程软件简介MicrobiomeHelper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helpermicrobiomehelp结合不同组…

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

软件简介

Microbiome Helper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。

文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper

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microbiome help结合不同组的生物信息方法，整理优化了多套16S/18S/ITS/metagenome的分析流程，并且不断更新更好的方法。

相关软件提供详细的安装教程，同时全部流程也整体打包，可用 – Virtualbox虚拟机直接上手分析数据。

软件教程

教程主页：
https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki

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教程的优点

  • 作者提供了一系列的输助脚本，使微生物组、宏基因组数据分析更加自动化；
  • 制定了扩增子、宏基因组数据分析的标准操作流程(SOPs)，解决软件选择问题
  • 教程包括测试数据，示例结果，常见问题答疑，让你学得会，看得懂；
  • 提供了扩增子(6G)和宏基因组(20G)的虚拟机下载，解决新人软件安装困难的问题。

教程列表

在教程主页右侧有导航列表，提供每个教程的链接，主要包括以下内容。

实验操作Wet-Lab Protocols

  • 扩增子测序标准流程 Microbiome Amplicon Sequencing Workflow

扩增子标准分析流程16S/18S/ITS SOPs

  • 细菌古菌16S Bacteria/Archaea SOP
  • 真核生物18S Eukarya SOP
  • 真菌ITS2 Fungi SOP

宏基因组Metagenomic SOPs

  • 宏基因组流程18版Metagenomics SOP v2
  • 宏基因组流程17版Metagenomics Tutorial

其它教程

  • 16S扩增子 16S Tutorial
  • 非聚类OTU鉴定DADA2 16S Tutorial
  • 功能预测PICRUSt Tutorial
  • 功能预测+新菌鉴定PICRUSt Tutorial with de novo Variants
  • 并行计算Intro to GNU Parallel
  • 下载公共数据Download From SRA
  • 随机森林Random Forest Tutorial in R
  • 暑期课程 2017 Summer School
  • 其它教程 Other tutorials

提供有测试数据、代码和虚拟机的教程，赶快访问 https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki 上手学习吧。

如果你自己想学习独立分析微生物组数据，但又存在入门困难，欢迎报名我们在北京鼓楼7月份的宏基因组专题课程！详见 《7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！》

宏基因组专题培训

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。

你能学到什么

当时信息大爆炸时间，专业科研人才必须具备大数据分析解读能力。大数据分析解决所需要求知识多而杂，自学时间成本高。参加培训获得经验、内部资料和代码、高效解决问题是当今科研人员不二的选择。

深彻理解生物测序数据的基本思想

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宏基因组分析三种模式全面的解决方案，以及结果的统计分析

  • 16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
  • 宏基因组数据Humann2定量物种和功能
  • Denovo宏基因组拼接和binning
  • 结果的差异比较和可视化

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主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家，促进相互认识和了解

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 原价 6999 元/人，
    截止 2018-06-29 4199 元/人
    之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐)
  2. 名额有限，每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

暑期促销优惠活动

在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。

  1. 赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
  2. 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
  3. 多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
  4. 零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。

*注意事项

  1. 需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
  2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
  3. 上课期间禁止录音，录像。
  4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
  6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

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复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页

成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

宏基因组相关学习资源

自学能力强、基础好的同学，如果把我们之前分享的资料全部掌握的话，应该早己成为本领域的专家了。

1. 基础理论教程
– 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
– 宏基因组分析教程
– 4500元的微生物组培训资料

2. 分析实战有参系列：
– MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
– HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2

3. 分析实战De novo系列:
– 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
– 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
– 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
– 4基因注释Prokka
– 5基于Kmer比较数据集sourmash
– 6不比对快速估计基因丰度Salmon
– 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
– 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
– 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
– 10绘制圈图-Circos安装与使用

如果基础知识体系不完善，自学存在困难的小伙伴，急时上车也是不错的选择。

成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

猜你喜欢

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外1500+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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