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Java和C都是指令式语言(Imperative Language)，不同的是Java有面向对象(OO)成分在里面，而C是完全面向过程的，C的高级版本C++、C#支持面向对象。
另外一个不同是，Java跨平台，既不同的操作系统都可以通过JVM来解释Java程序，而C、C++、C#则是与平台相关的，有些指令只在某些操作系统中才能执行。 (推荐学习：java课程)
具体原因是，Java是解释型语言，所有代码都会翻译成统一的、与系统无关的bytecode，然后放到JVM上运行；而C是编译式语言，代码要先通过编译器转换成与系统相关的中间代码，然后才能运行。
再一个不同是，Java不支持系统调用，既无法与操作系统进行交互，这是由它跨平台的特点决定的，而C则可以调用系统中的指令，如fork()。这也就是为什么Java中只有线程(Thread)概念而没有进程(Process)概念，而C两者均有。
再者，Java无法对内存进行控制，而C则可以通过指针对内存进行人为分配。
还有一点，Java有Gabbage Collection机制，可以自动回收不再使用的空间，而C则要用free()函数释放空间。
在速度上，C语言编写的程序要优于Java，因为Java必须运行在虚拟机的环境中，但是因为虚拟机，Java获得的平台无关性，而C语言的程序有可能需要重新修改编译才能实现平台的移植。
另一方面，C语言比Java语言更“底层”，因此可以用C编写例如硬件的驱动，而Java却不行。Java和C语言还有个明显的不同就是C语言注重的是算法，但是Java却不一样，想用的时候导包就可以了。
C语言的算法很重要，但是Java中的算法没有C语言那么复杂。打印的方法：C语言是printf(“…….”);而Java是System.out.print(“…….”),也可以用println，ln表示换行。
Java程序中的基本数据类型(boolean,char,byte,short,int,long,float,double)，是对对象的引用;C语言也有许多种基本类型，还有struct,union,enum,数组和指针。
在Java没有枚举、联合类型。Java采用Unicode字符集，C语言通常采用的是ASCII字符集，A—65,a—97。C语言的变量可以不进行初始化，但Java的变量要进行初始化。
在C语言中，char类型占一个字节，在Java中char类型占2个字节。
总的来说，Java比较C更容易上手，学得快，但对于了解编程语言来说帮助不如C大。
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