单细胞调控网路分析

单细胞调控网路分析简介组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异 转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络 GRNs 决定并维持稳定的 因此分析单细胞的 GRNs 有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义 并为疾病的诊断 治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索 然而单细胞转录组数据具有背景噪音高 基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点 给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的 GRNs 带来了挑战 随着生物信息学的发展 研发了不少软件用于单细胞调控网络的分析 如软件 SCENIC Single cellregulato

简介

组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异,转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络(GRNs)决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义,并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点,给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。随着生物信息学的发展,研发了不少软件用于单细胞调控网络的分析,如软件SCENIC( Single-cell regulatory network inference and clustering)利用单细胞转录组数据,进行调控子的分析,并构建基因调控网络,鉴定稳定的细胞状态。

应用领域

单细胞调控网路分析的优势

用SCENIC进行单细胞调控网络分析的流程

单细胞调控网络分析流程

分析软件

常见的单细胞调控网络分析软件有:SCENIC, SCNS, SCODE, SingCellNet, BoolTraineR, 以及 Global GRNs等。使用较多的软件是SCENIC。

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