KOBAS数据库使用指南

KOBAS数据库使用指南KOBAS KEGGOrtholog 是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库 主要功能是用于基因 蛋白质功能注释和功能富集 随着数据量不断增加 KOBAS 至今为止共经历了 3 次升级 除了 1 0 版本的 KEGG 代谢通路之外 2 0 版本增加了 PIDCurated PIDBioCarta PIDReactome BioCyc Reactome 和 Panther 等数据库 除此之外还增加了疾病的查询 使得 KOBAS 的功能更加强大 而 3 0 版本更是增加了 lncRNA

KOBAS(KEGG Orthology Based Annotation System),,是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库,主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集随着数据量不断增加,KOBAS至今为止共经历了3次升级,除了1.0版本的KEGG代谢通路之外,2.0版本增加了PID Curated,PID BioCarta,PID Reactome,BioCyc,Reactome和Panther等数据库,除此之外还增加了疾病的查询,使得KOBAS的功能更加强大。而3.0版本更是增加了lncRNA的鉴定、注释以及富集功能,还建立GSEA,GSA和 PADOG等功能。

KOBAS的功能最主要分为两个部分,Annotate(注释)Enrichment(富集)

640.png

 

接下来我们就以“Annotate”为例来体验看看如何利用KOBAS做GO和KEGG的富集分析吧!

点击“Annotate”选项,进入注释界面。

640 (1).png

“Species”为物种,可根据自己测序组织来源进行选择,如人,大鼠,小鼠等。

“Input Type”为输入格式/类型,支持如图Fasta Protein Sequence,Gene Symbol等七种格式,可根据自己的输入数据进行选择。

 

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