利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图
作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬
Canoco 5是一套全新的，几乎完全重构的Canoco软件版本，在2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进，并增加一些新的分析方法（比如PCNM）和完善了绘图功能。
本文以土壤理化因子和微生物物种数据为例，简要示范DCA的绘制流程。由于认识不深，不足、错误之处还望大家多提宝贵意见。
软件测试版安装包、安装说明和测试数据，后台回复”canoco5″获取。
准备物种和环境数据
物种数据(Phylum.xlsx)，门水平(任何层面读者任选，自行准备)，MT处理组3个重复，HY处理组3个重复
环境数据(SP.xlsx)，理化因子，MT处理3个重复，HY处理3个重复
点击“File”，选择“Import project”-“from excel …”弹出对话框。点击“Add files…”选择物种数据（phylum.xlsx）和环境数据(SP.xlsx)。
点击“Next”，出现新的对话框，将“Selected worksheets will define…project tables“中的数字改为2。
即Forward Selection Results下面窗口中显示的结果，复制内容如下，如粘贴到其它文本编辑器内
Analysis 'Interactive-forward-selection', step 'Forward Selection'
Forward Selection Results:
Name Explains % Contribution % pseudo-F P P(adj)
TN 55.7 55.7 5.0 0.004 0.014
Salt 21.5 21.5 2.8 0.146 0.511
TOC 16.9 16.9 5.7 0.074 0.259
pH 3.9 3.9 2.0 0.298 0.4592
SK 2.0 2.0 <0.1 1. 1.
根据前向选择的结果重分析
点击左下角的“New…”，出现对话框，默认选项
点击“Yes”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
根据Effects重分析
还可以点击“Graph”–“Triplots”–“with environmental variables”制作包含样方、物种和环境因子的三元图。可以点击工具栏按扭 
进行颜色、形状、字体等的调整；可以点击
调整位置；可以点击 添加箭头；可以点击 添加标题；可以点击 添加直线。
参考文献
Introduction Canoco 5 for Canoco 4.x users, 2013, Cajo J.F. ter Braak and Petr Smilauer
Multivariate Analysis of Ecological Data using Canoco 5, 2014, Petr Šmilauer, Jan Lepš
基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析, 2009，赖江山
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