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官网教程必读内容

这不是一个手把手教程，所以如果想解circos的使用，推荐以下官网内容。

第0章 Installation and Configuration

3. Configuration Files – Syntax, Colors, Fonts and Units
4. Colors
5. Data Files

这一章能让你对circos的语法，所需文件，配置文件有所了解。

第1章Quick Start

1. Hello World
2. Ticks & Labels
3. Ideogram Selection, Scale, Color & Orientation
4. Links & Rules
5. Histograms
6. Axes & Backgrounds
7. Heat Maps & Colors
8. Text
9. Automation & Macros

这一个章会带你将基本流程过一遍，循序渐进，每一个小节都是基于之前生成的图，增加新的元素，学起来很轻松。第9节是一个高级的用法，有一点类似于做for循环，可以暂时略过。过完这一章之后，基本就理解circos的原理了。每个元素的设置可以等用到的时候再看前往相应的教程。

第8章Recipes

19. Cortical Maps—Connectograms

因为大部分的例子都是chromosome的，这里介绍了如何画Cortical map的方法，需要在这里了解所需的文件格式。

注意：他们提供了一个perl的脚本，帮你把结果转化成circos所需的文件。挣扎几下之后运行成功了，不过发现此代码只适用于左右一 .一对应的模板（比如AAL)。所以需要自己写code，可以用任何熟悉的语言，python/R/Matlab，将要呈现的结果转成circos所需的格式。

最好的学习方式是自己下载教程，边运行代码边学习。推荐VS code，设置三个窗口，左上的窗口调试代码，修改你想测试的参数，右边的窗口显示图片，下面是terminal，执行circos的命令。这样你可以几乎实时看到修改参数的效果。

理解力超强的童鞋，也可以直接看网页版的Configuration。这里的内容更像是给用户的速查手册。

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基本概念和文件形式

看完必看教程后，会发现Circos比想象中的容易，软件作者已经把轮子都造好了，需要做的就是把数据做成软件所需要的格式，调整参数即可。由于旁支末节太多，如果面面俱到的写跟翻译没什么区别了，所以这里只记录一些关键的信息。官网提供的教程是最好的参考。

ideogram

一般是最外面的那一圈默认使用chromosome，如需使用network/nodes时需要自定义ideogram的文件。它起到的是reference的作用，比如一个ROI呈现在9点钟方向，那么之后这个ROI相应的数据（内圈）也会呈现在9点钟方向。

文件格式如下

chromosome就是network，band就是network中的ROI/node，最后一列是自定义颜色的名称，也可以用circos内置的颜色名称。如果使用了自定义的颜色，需要将颜色的配置写进circos.conf中。中间的数字是chromosome(network)和band(node)的长度，使用统一的unit即可。

这文件做好保存为segment.txt放在data文件夹中。