{转载}circos绘图（2）

https://wenlongshen.github.io/2017/03/22/Circos-2/

本章主要对circos环图中最基本的元素进行设置，包括karyotype、ideogram、ticks等模块。

Karyotype

Karyotype的信息就如同坐标轴一般，其大小、顺序、位置等直接决定了后续数据的展示。这里我们新建一个karyotype.conf文件用来设置karyotype的相关信息，主要设置的参数包括数据文件来源、是否使用特定染色体、染色体显示的单位大小（unit）、颜色、图中半径等等：

# 指定数据文件的位置，这里共使用了人类、小鼠、大鼠三组数据 karyotype = data/karyotype.human.txt,data/karyotype.mouse.txt,data/karyotype.rat.txt # 使用哪些染色体，这里可以匹配正则表达式 chromosomes = -/[XY]/;-/rn/;-/mm/;rn1;mm1 # 染色体排序方式 chromosomes_order_by_karyotype = yes # 染色体单位大小，在后续进行ticks等的设置时都会参考 chromosomes_units =  # 设置染色体颜色，不指定则用默认设置 chromosomes_color = /mm/:blues-5-seq-4;/rn/:reds-5-seq-4 # 将染色体反向排列 chromosomes_reverse = mm1 # 改变染色体在circos环图内所占比例 chromosomes_scale = rn1:0.25r;mm1:0.25r # 改变染色体在circos环图内半径大小，如图中右上角 chromosomes_radius = hs2:1.05r;hs3:1.20r;hs4:1.35r;hs5:1.15r;hs6:1.05r 

这时，我们的circos环图变成下图：

Ideogram

Ideogram主要是karyotype相关的其它一些基本显示信息的设置，包括线条颜色、粗细、间隔，标签位置、字体等，这里我们新建一个ideogram.conf文件用来管理ideogram的相关信息（我们把染色体条带的信息也一并在这里设置了）：

 
  
    show = yes # 线条粗细 thickness = 25p # 颜色填充 fill = yes fill_color = black # 在circos环图中位置 radius = 0.80r # 标签 show_label = yes label_font = default # label位置在圈外侧250像素，当前版本貌似只能让label位于统一位置 label_radius = dims(ideogram,radius_outer) + 250p label_size = 24p # label与karyotype平行 label_parallel = yes # 显示染色体条带，条带信息已在karyotype文件中 show_bands = yes fill_bands = yes band_stroke_thickness = 0 band_stroke_color = black band_transparency = 4 #两条染色体之间的间隔 
   
     default = 30u # 改变特定染色体之间的间隔 
    
      spacing = 0.5r 
     
    
   

我们再来看一下新的circos环图：

Ticks

Ticks主要是指坐标刻度和区块分隔线等，可以针对不同尺度设置不同的刻度显示方式。需要注意的是，Circos是由大至小进行刻度标识的，因此大尺度的刻度显示方式会替换小尺度。同样地，这里我们新建ticks.conf文件来设置相关信息：

show_ticks = yes show_tick_labels = yes show_grid = yes # 全局设置 
  
    tick_label_font = light # tick位置在外侧180像素，不同于label，tick能够跟随染色体位置而移动 radius = dims(ideogram,radius_outer) + 180p label_offset = 5p label_size = 16p # 比例尺，这里指1代表1Mb multiplier = 1e-6 color = black thickness = 1p # tick1 # u即karyotype中设置的chromosomes_units = ，所以这里表示每25Mb处的刻度显示方式 
   
     spacing = 25u size = 12p show_label = yes format = %d 
    # tick2 # 这里表示每5Mb处的刻度显示方式 
   
     # 与其他tick标签至少保持1像素距离 # 由于Circos是由大至小进行刻度标识，所以该参数的设置使得在图中人类基因组的部分，这些刻度的标签不显示 label_separation = 1p spacing = 5u size = 7p show_label = yes format = %d 
    # tick3 # 给小鼠和大鼠1号染色体设置grid 
   
     # 说明该设置只限于特定染色体 chromosomes_display_default = no chromosomes = rn1;mm1 spacing = 5u # 这里由于spacing设置的是5u，所以此时size会被tick1和tick2替换，故无需设置 size = 0p force_display = yes # grid起始位置 grid_start = 0.45r # grid终止位置，设置与外圈tick相同，使整体美观 grid_end = dims(ideogram,radius_outer) + 180p grid_color = grey grid_thickness = 1p grid = yes 
    # tick4 # 人类基因组每20%的相对比例刻度及grid 
   
     # 不给小鼠和大鼠1号染色体设置 chromosomes = -rn1;-mm1 radius = 0.95r # 说明该tick为相对比例刻度 spacing_type = relative # 比例刻度为每20% rspacing = 0.20 size = 6p show_label = yes # label为比例值（大小不超过1） label_relative = yes # 比例为百分比 rmultiplier = 100 format = %d # label显示%作为后缀 suffix = % # 为美观，不显示最后一个label skip_last_label = yes # 设置grid grid_start = 0.885r grid_end = 0.95r grid_color = grey grid_thickness = 1p grid = yes 
    # tick5 # 人类基因组每10%的相对比例刻度及grid，作为tick4的补充 
   
     chromosomes = -rn1;-mm1 radius = 0.95r spacing_type = relative rspacing = 0.10 size = 3p show_label = no grid_start = 0.885r grid_end = 0.95r grid_color = lgrey grid_thickness = 1p grid = yes 
    # tick6 # 人类基因组每25%的相对比例刻度及grid 
   
     chromosomes = -rn1;-mm1 radius = 0.82r spacing_type = relative rspacing = 0.25 size = 6p show_label = yes label_relative = yes rmultiplier = 100 format = %d skip_last_label = yes grid_start = 0.755r grid_end = 0.82r grid_color = grey grid_thickness = 1p grid = yes 
    # tick7 # 利用相对比例刻度，为所有染色体首尾添加grid 
   
     spacing_type = relative rspacing = 1 # 为统一，显示一个刻度，同时为区别，大小和别的不一样 size = 6p grid_start = 0.45r grid_end = dims(ideogram,radius_outer) + 180p grid_color = grey grid_thickness = 1p grid = yes 
    
   

现在，我们的circos环图显示了更多的信息：