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按照上图的展示，目前的ENCODE通过多种测序数据来反应基因组变化的过程，分别是通过
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Hi-C 来观察三维基因组
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ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控
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甲基化芯片来研究甲基化的调控作用
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RNA-seq 来研究基因表达的变化
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RIP-seq 研究在转录后调控的信息
我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后，进行分析后构建的自己数据库。
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