circos 可视化手册-line plot 篇

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line plot在circos中的用法比较简单，示例如下：

对于折线图而言，调整外观的属性有以下4个

1. thickness

thickness 控制线条的粗细

2. color

color 控制线条的颜色

3. fill_color

fill_color控制填充色，在折线的下方进行颜色填充

4. max_gap

在直线图中，会看到如下所示的分割线，max_gap的作用就是设置分割线的间距，max_gap = 1u 代表每隔1个单位画一条分割线，其用法和ticks类似

控制位置的属性在前面的文章中我们已经介绍过了，这里在重复一遍。

r0和r1分别设置圆环的内径和外径，max和min设置y轴的最大值和最小值，orientation控制y轴0点的位置，orientation = in代表 y = 0 位于r1上；orientation = out表示y = 0位于r0 上；z代表优先级，数值越大，优先级越高，当两个折线图重叠时，优先级高的会有先显示。

与backgrounds, axes, rules的结合使用，在scatter plot中，我们也介绍过了，今天解锁一种axes的新用法，代码如下

在之前的文章中，我们看到了用y0, y1指定范围，再用spacing参数设定间隔的用法, 这种用法可以方便的设置多条轴线；今天的这个例子中，通过position直接设置轴线的位置，适合指定单条轴线。

最后放一张line plot的示例，在下图中，除去染色体外，包括3个line plot; 最内圈的line plot有3种填充色，背景色也有3种，另外两圈的line plot中，其axes的定义就是使用了position的用法，可以看到其轴线非常少，只有2,3条；最内圈的line plot的轴线则采用spacing的用法，其轴线非常多，而且均匀分布

完整代码如下

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       karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt chromosomes_units = 1000000 chromosomes = hs1 # ;hs2;hs3 chromosomes_display_default = no 
      
        type = line thickness = 2 
       
         max_gap = 1u file = data/6/snp.density.250kb.txt color = vdgrey min = 0 max = 0.015 r0 = 0.5r r1 = 0.8r fill_color = vdgrey_a3 
         
         
           color = vvlgreen y0 = 0.006 
          
         
           color = vvlred y1 = 0.002 
          
         
         
         
           color = lgrey_a2 thickness = 1 spacing = 0.025r 
          
         
         
         
           condition = var(value) > 0.006 color = dgreen fill_color = dgreen_a1 
          
         
           condition = var(value) < 0.002 color = dred fill_color = dred_a1 
          
         
        # outside the circle, oriented out 
       
         max_gap = 1u file = data/6/snp.density.txt color = black min = 0 max = 0.015 r0 = 1.075r r1 = 1.15r thickness = 1 fill_color = black_a4 
         
         
           color = lgreen thickness = 2 position = 0.006 
          
         
           color = lred thickness = 2 position = 0.002 
          
         
        
       
         z = 5 max_gap = 1u file = data/6/snp.density.1mb.txt color = red fill_color = red_a4 min = 0 max = 0.015 r0 = 1.075r r1 = 1.15r 
        # same plot, but inside the circle, oriented in 
       
         max_gap = 1u file = data/6/snp.density.txt color = black fill_color = black_a4 min = 0 max = 0.015 r0 = 0.85r r1 = 0.95r thickness = 1 orientation = in 
         
         
           color = lgreen thickness = 2 position = 0.01 
          
         
           color = vlgreen thickness = 2 position = 0.008 
          
         
        
          color = vlgreen thickness = 2 position = 0.006 
         
        
          color = red thickness = 2 position = 0.002 
         
        
       
         z = 5 max_gap = 1u file = data/6/snp.density.1mb.txt color = red fill_color = red_a4 min = 0 max = 0.015 r0 = 0.85r r1 = 0.95r orientation = in 
        
       < 
      
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