转录组测序(RNA-seq)详细建库步骤与原理

转录组测序(RNA-seq)详细建库步骤与原理1 实验设计考虑生物体中总 RNA 90 rRNA 1 2 mRNA 8 9 其他 RNA 对于真核生物 可通过 oligodT 磁珠富集 mRNA 来进行建库而如果想研究 lncRNA 全转录组或原核生物转录组 可以通过去除 rRNA 的方法进行建库建库另一个要考虑的方面 链特异性与非特异性 strandedorun stranded 建库过程本文以 Illumina 的 NEBNe

1.实验设计考虑

生物体中总RNA=(~90%)rRNA+ (1~2%)mRNA+(8~9%)其他RNA

2.建库过程

1)总RNA提取

提取后的总RNA要进行纯度(purity)、浓度(quantity)、完整性(RIN)的质量检查。

不同样品的total RNA中mRNA含量差异较大,若total RNA起始投入量过低,不能保证有足够的mRNA用于后续建库,因此建议RNA起始量为1~4μg。

不同RIN(RNA intergrity number)示意图:(从1~10为bad to good)

2)mRNA分离与片段化

3)cDNA第一链合成

随机六聚体引物(random hexamer primer),逆转录酶以mRNA为模版合成cDNA

4)cDNA第二链合成

5)双链cDNA的末端修复

末端补齐,再纯化修复后的cDNA。ds cDNA3‘端加A(dA – tailing)。

6) 连接接头

然后纯化连接了接头的 ds cDNA

7)PCR富集文库

扩增完纯化后,进行文库质检,质检完的文库就可以拿去上机测序了。

The End

怀念那些无所事事一整个夏天的年少

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