在线作图|在线做完整的Lefse分析

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

前言

今天小编给大家介绍的是TUTU（https://www.cloudtutu.com/）网站上新添的Lefse分析，即LDA Effect Size分析。咱之前有上过这个分析（lefse），但是只能画出LDA值柱状图，今天新添的工具lefse2基本可以实现完整的分析内容，包括LDA值柱状图、物种分类分支图、组间丰度柱状图等等。
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Lefse分析文献应用举例：
Fig. 7 The main taxa of bacteria that were different in HMG vs. SMG vs. FMG. a: Cladogram of the main taxa of mi-crobiota that were different on the basis of LEfSe analysis. b: LEfSe analysis (taxa with LDA score > 4). (The different dietary sugars modulate the composition of the gut microbiota in honeybee during overwintering)
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Fig.2 The linear discriminant analysis (LDA) effect size (LEfSe) was used to identify the biomarkers with significant differences between the two groups: c 4HF vs 4 AM and d 4HF vs 4SV. Values are presented as mean ± SEM. *P < 0.05; **P < 0.01; ***P < 0.001; ns P > 0.05(The polyphenol-rich extract from chokeberry (Aronia melanocarpa L.) modulates gut microbiota and improves lipid metabolism in diet-induced obese rats)
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注意事项

以下是关于网站使用的一些注意事项：

1.绘图免费：网站绘图是免费的，免费的，免费的，重要的话说三遍。网址是：https://www.cloudtutu.com/，一般用谷歌或者火狐浏览器登录，输入验证码即可登录成功并使用，遇到网络不好的情况，也可以换下其他浏览器。

2.工具查找：在“微生物分析”一栏，所有的工具都在里面，没有找到相应工具的小伙伴可能需要耐心往下翻翻，一般新上的工具会排在前面。

3.使用说明：有用户反映上传数据上传不上去，这种情况一般是因为文件格式或者内容里有不识别的字符，与示例数据形式相左或者文件数据量太大了，需要时间上传。每个工具右侧有“帮助文档”一栏，使用较多的部分工具也新增了“常见问题”，小伙伴使用时需按照这两个说明进行操作，不然可能会出现上传不成功甚至画不出来的情况。很多用户以为画图画不出来是因为收费问题，小编已哭晕在厕所…

4.问题反馈：如果有画图的问题解决不了，或者有一些画图需求，改进建议等等，可以联系“小图”，小图的二维码贴在页面右侧，一眼就可以看到。

5.其他：TUTU网站上的绘图工具可以处理一般数据量的文件，但是如果数据太大，有些工具是画不出来的…毕竟资源有限，还请各位客官见谅.

使用说明

1 TUTU网站登录

①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录；
③登录后在“微生物分析”那一栏找到lefse2，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。
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2 上传文件

※※※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传，最好传txt文本文件！
※※※请您务必按照示例数据的格式调整数据！上传文件中不可带有：中文、中文字符、空格、重复名称等！！！
a）准备2个数据文件(形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等)；
b）文件1：OTU表，表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU等；文件2：TAX表：表格需要带表头和列名，文件1中otu对应的分类水平；
c）请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
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3 参数设置

3.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)
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3.2 选择比较组：按需自行选择
3.3 LDA：LDA阈值选择，默认为4

4 下载文件

点击“运行”开始作图，点击“下载”保存结果文件（表格内容可先复制到记事本中查看）。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

5 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件可扫描文后的二维码添加小编获取。

6 写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com/#/index), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力。
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