分子模拟软件amber_薛定谔 autodock 分子动力学模拟GROMACS软件「建议收藏」

生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子对接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用

蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍

1.1 PDB蛋白数据库功能

1.2 PDB蛋白数据可获取资源

1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性

2.PDB 数据库的使用

2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载

2.2 靶点蛋白结构序列下载

2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径

2.4 批量下载蛋白晶体结构

蛋白结构分析 1. Pymol 软件介绍

1.1 软件安装及初始设置

1.2 基本知识介绍（如氢键等）

2.Pymol 软件使用

2.1蛋白小分子相互作用图解

2.2 蛋白蛋白相互作用图解

2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示

2.4蛋白及小分子结构叠加及比对

2.5绘制相互作用力

2.6 Pymol动画制作

3.实例讲解与练习

同源建模 1. 同源建模原理介绍

1.1 同源建模的功能及使用场景

1.2 同源建模的方法

2. Swiss-Model 同源建模；

2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法）

2.2 蛋白序列比对

2.3蛋白模板选择

2.4 蛋白模型搭建

2.5模型评价（蛋白拉曼图）

2.6 蛋白模型优化

3.实例讲解与练习

小分子构建 1. ChemDraw软件介绍

1.1小分子结构构建

1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP等）计算

3.实例讲解与练习

小分子化合物库

小分子数据库

1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用

1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用

生物分子互作用Ⅰ

Autodock 1.分子对接基础

1.1分子对接原理及对接软件介绍

分子对接软件（Autodock或薛定谔) 使用

2.1半柔性对接

2.1.1 小分子配体优化准备

2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备

2.1.3 蛋白受体格点计算

2.1.4 半柔性对接计算

2.2对接结果评价

2.2.1 晶体结构构象进行对比

2.2.2 能量角度评价对接结果

2.2.3 聚类分析评价对接结果

2.2.4 最优结合构象的选择

2.2.5 已知活性化合物对接结果比较

3.实例讲解与练习

虚拟筛选 2.3柔性对接

2.3.1 小分子配体优化准备

2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备

2.3.3 蛋白受体格点计算

2.3.4 柔性对接计算

2.3.5 柔性对接结果评价

2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择

分子对接用于虚拟筛选（Autodock，Vina或薛定谔）

3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示

3.2 靶点蛋白选择

3.3化合物库获取

3.4虚拟筛选

3.5 结果分析（打分值、能量及相互作用分析）

生物分子互作用II

ZDOCK 1.预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）

1.1 受体和配体蛋白前期优化准备

1.2 载入受体和配体分子

1.3蛋白蛋白相互作用对接位点设定

1.4蛋白蛋白对接结果分析与解读

实例讲解与练习

构效关系分析 1. 3D-QSAR模型构建（Sybyl软件）

1.1 小分子构建

1.2创建小分子数据库

1.3 小分子加电荷及能量优化

1.4 分子活性构象确定及叠合

1.5 创建3D-QSAR模型

1.6 CoMFA和CoMSIA模型构建

1.7 测试集验证模型

1.8模型参数分析

1.9模型等势图分析

1.10 3D-QSAR模型指导药物设计

实例讲解与练习

分子动力学模拟 1. 分子动力学简介（GROMACS软件）

1.1分子动力学基本原理

1.2 Linux 系统介绍

1.3 分子动力学软件介绍（Gromacs）

Gromacs 进行分子动力学模拟

2.1 配体分子的处理

2.2 蛋白结构的处理

2.3 修改蛋白坐标文件

2.4修改拓扑文件

2.5构建盒子并放入溶剂

2.6平衡系统电荷

2.7能量最小化

2.8 NVT平衡

2.9 NPT平衡

2.10 产出动力学模拟

分子动力学结果分析

3.1轨迹文件观察

3.2能量数据作图

3.3 计算结构的RMSD 值

3.4计算原子位置的根均方波动

3.5计算模拟过程中分子间的氢键数目

生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子对接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用

蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍

1.1 PDB蛋白数据库功能

1.2 PDB蛋白数据可获取资源

1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性

2.PDB 数据库的使用

2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载

2.2 靶点蛋白结构序列下载

2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径

2.4 批量下载蛋白晶体结构

蛋白结构分析 1. Pymol 软件介绍

1.1 软件安装及初始设置

1.2 基本知识介绍（如氢键等）

2.Pymol 软件使用

2.1蛋白小分子相互作用图解

2.2 蛋白蛋白相互作用图解

2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示

2.4蛋白及小分子结构叠加及比对

2.5绘制相互作用力

2.6 Pymol动画制作

3.实例讲解与练习

同源建模 1. 同源建模原理介绍

1.1 同源建模的功能及使用场景

1.2 同源建模的方法

Swiss-Model 同源建模；

2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法）

2.2 蛋白序列比对

2.3蛋白模板选择

2.4 蛋白模型搭建

2.5模型评价（蛋白拉曼图）

2.6 蛋白模型优化

3.实例讲解与练习

小分子构建 1. ChemDraw软件介绍

1.1小分子结构构建

1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP等）计算

3.实例讲解与练习

小分子化合物库

小分子数据库

1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用

1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用

生物分子互作用Ⅰ

Autodock 1.分子对接基础

1.1分子对接原理及对接软件介绍

分子对接软件（Autodock或薛定谔) 使用

2.1半柔性对接

2.1.1 小分子配体优化准备

2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备

2.1.3 蛋白受体格点计算

2.1.4 半柔性对接计算

2.2对接结果评价

2.2.1 晶体结构构象进行对比

2.2.2 能量角度评价对接结果

2.2.3 聚类分析评价对接结果

2.2.4 最优结合构象的选择

2.2.5 已知活性化合物对接结果比较

3.实例讲解与练习

虚拟筛选 2.3柔性对接

2.3.1 小分子配体优化准备

2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备

2.3.3 蛋白受体格点计算

2.3.4 柔性对接计算

2.3.5 柔性对接结果评价

2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择

分子对接用于虚拟筛选（Autodock，Vina或薛定谔）

3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示

3.2 靶点蛋白选择

3.3化合物库获取

3.4虚拟筛选

3.5 结果分析（打分值、能量及相互作用分析）

生物分子互作用II

ZDOCK 1.预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）

1.1 受体和配体蛋白前期优化准备

1.2 载入受体和配体分子

1.3蛋白蛋白相互作用对接位点设定

1.4蛋白蛋白对接结果分析与解读

实例讲解与练习

构效关系分析 1. 3D-QSAR模型构建（Sybyl软件）

1.1 小分子构建

1.2创建小分子数据库

1.3 小分子加电荷及能量优化

1.4 分子活性构象确定及叠合

1.5 创建3D-QSAR模型

1.6 CoMFA和CoMSIA模型构建

1.7 测试集验证模型

1.8模型参数分析

1.9模型等势图分析

1.10 3D-QSAR模型指导药物设计

分子动力学模拟 1. 分子动力学简介（GROMACS软件）

1.1分子动力学基本原理

1.2 Linux 系统介绍

1.3 分子动力学软件介绍（Gromacs）

Gromacs 进行分子动力学模拟

2.1 配体分子的处理

2.2 蛋白结构的处理

2.3 修改蛋白坐标文件

2.4修改拓扑文件

2.5构建盒子并放入溶剂

2.6平衡系统电荷

2.7能量最小化

2.8 NVT平衡

2.9 NPT平衡

2.10 产出动力学模拟

分子动力学结果分析

3.1轨迹文件观察

3.2能量数据作图

3.3 计算结构的RMSD 值

3.4计算原子位置的根均方波动

3.5计算模拟过程中分子间的氢键数目

电话：01056245524 15932325652 （微信同步） 联 系 人: 孟老师

邮箱：xxxgdragonm@163.com

具体培训内容介绍请看链接或者PDF文档

【腾讯文档】计算机辅助药物设计

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微信公众号 分子动力学学术交流

关于“计算机辅助药物设计技术与应用”专题培训班