如何看懂火山图

如何看懂火山图下面我们就说明下如何看懂和绘制火山图 标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因 这里有两个关键词 显著是指 P lt 0 05 差异表达一般我们按照 FoldChange 倍数变化 gt 2 0 作为标准 当我们拿到基因表达的 P 值和倍数后 为了用火山图展示结果 一般需要把倍数进行 Log2 的转化 比如某基因在实验组表达水平是对照组的 4 倍 log2 4 2 同样的如果是 1 4 也就是 0 25 转换后

下面我们就说明下如何看懂和绘制火山图。

标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因,这里有两个关键词:显著是指P<0.05,差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)>=2.0作为标准。

当我们拿到基因表达的P值和倍数后,为了用火山图展示结果,一般需要把倍数进行Log2的转化,比如某基因在实验组表达水平是对照组的4倍,log2(4)=2,同样的如果是1/4,也就是0.25,转换后的结果就是-2。

同样的道理,对P值进行-log10的转化,-log10(0.05)约等于1.30103,由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异约显著,比如-log10(0.001)=3 > -log10(0.01)=2 > -log10(0.05)=1.30。

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