- 数据预处理（DNA genotyping、Quality control、Imputation）
2. 表型数据统计分析
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- 表型数据正态分析（如果不是正态分布，需转换处理为正态分布）
- 表型数据均值、中值、最大值、最小值
- 影响因子对表型的影响分析
线性回归（表型数据为连续性变量）
逻辑回归（表型数据为二元）
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3.画曼哈顿图（GWAS）和 plot图
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- （1）、准备PED文件
- （2）、准备MAP文件
- （3）、生成bed、fam、bim、文件
在plink中输入命令：plink –file mydata –out mydata –make-bedplink指的是plink软件，如果软件安装在某个指定的路径的话，前面还要加上路径，比如安装在路径为/your/pathway/的文件夹下，则命令应该为“/your/pathway/plink –file mydata –out mydata –make-bed”mydata指的是1和2生成的PED和MAP文件名，不需要写.ped和.map后缀 - （二）、准备表型文件（Alternate phenotype files）
- （三）、准备协变量文件（Covariate files）
- （四）、plink进行表型和基因型以及协变量的关联分析
- （五）、画曼哈顿图(GWAS)图
- （六）、画 plot图
(一)、准备plink文件
4. GWAS进阶分析
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- 不同群体重复验证分析，Replication
- Regional association plots
用LocusZoom(http://csg.sph.umich.edu/locuszoom/)画出来的 - 相似条件分析，Approximate conditional analysis
- 连锁不平衡得分评估表型间遗传相关性，Linkage-disequilibrium score regression
- 基因富集分析，Gene setenrichment analysis
- 层次聚类分析，Hierarchicalclustering
- 蛋白质-蛋白质互作网络分析，Protein–proteininteraction network analyses
- Point ofcontact analyses
群体分层分析，Population Stratification
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参考文献： Horikoshi, Momoko, et al. “Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease.” Nature 538.7624 (2016): 248. Okbay A, Beauchamp J P, Fontana M A, et al. Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment[J]. Nature, 2016, 533(7604): 539.
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