如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列

如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列用 python 实现如下 1 usr bin python2 Complementin dna ACTGATCGATTA 5 由于 python 区分大小写 所以先替换成小写可以有效避免后面重复替换的问题 6compleme

用 python 实现如下:

 1 #!/usr/bin/python  2 # Complementing DNA  3  4 my_dna = "ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"  5 # 由于python 区分大小写,所以先替换成小写可以有效避免后面重复替换的问题。  6 complement_AT = my_dna.replace("A","t")  7 complement_TA = complement_AT.replace("T","a")  8 complement_GC = complement_TA.replace("G","c")  9 complement_CG = complement_GC.replace("C","g") 10 # 把所以小写变为大写即可。 11 complement_DNA = complement_CG.upper() 12 reverse_complement_DNA = complement_DNA[::-1] # str[::-1] used to reverse the string 13 14 print(complement_DNA) 15 print(reverse_complement_DNA)

运行结果:

ubuntu$ python3 complement_py3.py TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA ATGAACGCATCGATATATATGTATGATAGCAAATACTATACGTAATCGATCAGT

 

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