circos 可视化手册- text 篇

circos 可视化手册- text 篇欢迎关注微信公众号 生信修炼手册 不论是 heatmap 还是 scatter histogram 反应的都是基因组上某段区域对应的 value 值的分布 这里的 value 都是数值 对于 value 是字符串的情况 专门定义了 text 这种图表类型 用于展示 看一个 text 的实例 text 在图上就是一圈的字符串标记 字符串可以添加连线 表明对应的染色体位置 配置文件的写法如下 首先看下 fil

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不论是heatmap, 还是scatter, histogram, 反应的都是基因组上某段区域对应的value值的分布,这里的value都是数值。对于value是字符串的情况,专门定义了text这种图表类型,用于展示。

看一个text的实例
在这里插入图片描述
text在图上就是一圈的字符串标记,字符串可以添加连线,表明对应的染色体位置。

对于text而言,由于value不是数值,所以没有maxmin参数,其位置完全由r0r1两个参数的值决定。

其他的属性可以分成以下两个部分

1. 文字的属性

对于文字,常用的属性包括以下几个:

  • 颜色
  • 大小
  • 字体

label_font定义字体;label_size定义大小;color定义文字颜色。

为了清楚的展示每个laebl, 所有的label之间是不会重叠的,如果两个label距离过近,会出现重叠时,会自动堆积在一起。

有两个参数label_snugglemax_snuggle_distance控制具体的堆积情况。示意图如下:
在这里插入图片描述
假设在基因组上62,000,000的位置上,有100个label。默认情况下label_snuggle = no,所有的label会依次堆积在一起,超出范围的不会显示。为了多显示label, 可以设置label_snuggle = yes, 此时可以和max_snuggle_distance参数结合使用,这个参数的值越大,可以显示的label就越多。

2. 连线的属性

默认情况下是不显示连线的,需要添加下列参数才能显示连线

 show_links = yes 

对于连线,常用的属性包括以下几个

  • 颜色
  • 粗细

link_color定义颜色,link_thickness定义粗细。除了上述常见属性外,还有一个links_dims属性控制连线的形状。

lnks_dims的示意图如下
在这里插入图片描述
将连续分成了d1d5共5个部分,决定的连线的形状,用法如下

link_dims = 0p,0p,70p,0p,10p 

还有一个需要注意的就是rules的写法, 示例如下
在这里插入图片描述
由于value的值是一个字符串,所以使用的是perl中的字符串操作符,eq用于判断两个字符串相等。

 label_font = glyph 

这种情况下,可以结合rules设置对应的value,此时不再显示字符串,而是显示对应的形状,不同value和形状之间的对应关系如下
在这里插入图片描述
取值范围为a-o,区分大小写,大写表示实心的点,小写表示空心的点。

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