使用 ggplot包 绘制火山图，需要一个dataframe并包含如下信息：
- log2FoldChange：绘制x轴
- pvalue或padj：绘制y轴
- Change：元素为up、down或none，用于散点上色
library("ggplot2")一、添加”Change”列
View(result)
log2FC阈值：0.5；padj阈值：0.05
thres_log2FC=0.5 thres_p=0.05 result[which(result$log2FoldChange >= thres_log2FC & result$padj < thres_p),'Change'] <- 'up' result[which(result$log2FoldChange <= -thres_log2FC & result$padj < thres_p),'Change'] <- 'down' result[which(abs(result$log2FoldChange) <= thres_log2FC | result$padj >= thres_p),'Change'] <- 'none'View(result)
write.csv(result,file = "gleason high vs low_result.csv",quote = FALSE) 二、ggplot2作图
p <- ggplot(data = result, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(padj), color = Change)) + geom_point(size = 1) + #绘制散点图 scale_color_manual(values = c('red', 'gray', 'green'), limits = c('up', 'none', 'down')) + #自定义点的颜色 labs(x = 'log2 Fold Change', y = '-log10 adjust p-value', title = 'gleason high vs low', color = '') + #坐标轴标题 theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 14), panel.grid = element_blank(), #背景色、网格线、图例等主题修改 panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent'), legend.key = element_rect(fill = 'transparent')) + geom_vline(xintercept = c(-thres_log2FC, thres_log2FC), lty = 3, color = 'black') + #添加阈值线 geom_hline(yintercept = -log10(thres_p), lty = 3, color = 'black') #+ xlim(-5, 5) + ylim(0, 15) #定义刻度边界 p
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