miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库
简介
miRTarBase是一个手工收集的，经过实验验证过的miRNA靶基因数据库（MTI, MicroRNA-Target Interactions），网址如下
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
自miRTarBase数据库于2011年首次亮相以来，miRNA与靶基因相关信息的数据库不断更新。该数据库已经收录了超过8,500篇关于miRNA-靶标相互作用的实验支持文章。随着新发布的CLIP-seq数据集的增加，新miRTarBase中的MTI集合超过500,000。作者通过改进NLP（自然语言）技术，搜集到更多靶向关系对以及他们的网络功能和注释信息。
miRTarBase最新版本为V8.0, 于2019年6月30号更新，共收录了28个物种。4296 个miRNA, 23426 个基因， 个靶基因相互作用
通过Browse功能，可以利用以下四种方式浏览数据库中的内容
- miRNA ID
- Target Gene
- Disease
- Species
Statistics提供了每个物种对应的miRNA靶基因情况，示意如下
以Human为例，共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个，而人一共有2万多个蛋白编码基因，接近80%都受到miRNA的调控，可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性。
对于miNRA-Target Gene , 共有 条记录， 平均每个miRNA有 / 2599=146个靶基因， 而每个基因平均受到 / 15064 = 25 个 miRNA的调控。
Search功能则提供了多种检索方式
1. By miRNA
以mirBase数据库中的miRNA ID进行检索，示意如下
2. By Target Gene
以Gene Symbol进行检索，示意如下
3. By Pathway
以kegg pathway通路进行检索，示意如下
4. By Validated Method
以各种验证miRNA和靶基因相互作用的手段进行检索，示意如下
5. By Disease
以疾病进行检索，示意如下
6. Advanced Search
高级检索功能，支持一次检索多个miRNA或者基因，示意如下
检索结果如下所示
我们可以看到结果包含我们输入的hsa-miR-20a-5p以及它的靶基因，同时有各类实验证明的该靶向关系
对于每条miRNA靶基因的记录， 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions （简称MTs） 编号，比如MIRT000002，对于检索结果，可以根据实验证据的可靠性，进行筛选。
miRTarBase不仅提供了高可信度的miRNA靶基因信息，同时也提供了文献报道的miRNA和疾病之间的相关信息。
下载
一般来说，如果miRNA数量较多时，最好可以下载到本地进行分析。而miRTarBase数据库刚好提供了下载页面，其包含更全面的下载数据。
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/download.php
可以根据物种，或者实验类型等选择来下载所需的数据集。
以人类为例，下载hsa_MTI数据集，包含着miRNA及靶基因，实验类型、证据强弱、PubMed文章ID等等
参考文献：
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