使用 bioMart 包获取数据库信息
通过 R 包获取数据库中的信息, 该数据库包括一下内容
以下内容参考网址1
1.查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间的基因；
2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注释。反之，给定相关的GO注释，获取相关的EntrezGene的ID；
3.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的上游100bp序列（可能包含启动子等调控元件）；
4.查找人类染色体上每一段区域中已知的SNPs；
5.给定一组的序列ID，获得其中具体的序列；
Step.01 Install Package
BiocManager::install("biomaRt") install.packages('curl') Step.02 Show Database
library("biomaRt") library('curl') listMarts() Step.03 View Abstract
my_mart=useMart('ensembl') dataset = listDatasets(my_mart) grep('mm',dataset[,1],value = T) Step.04 Choose species
mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl") 人类'hsapiens_gene_ensembl' 小鼠'mmusculus_gene_ensembl' Check input types
转换前的ID类型，如：
用listFilters()函数查看可选择的输入类型
Step.05 Use listAttributes check output types
要想知道biomaRt支持哪些ID类型的输出，可以通过以下命令查看，共支持3607种ID输出,这里只截取了一部分输出，一共有name和description两列
listAttributes(mart) Step.06 getBM()
hg_symbols<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"chromosome_name", "start_position","end_position", "band"), filters= 'ensembl_gene_id', gene = my_ensembl_gene_id, mart = mart) 这个函数有4个参数
Step.07 Practice
setwd("C:/Users/Desktop/circRNA分析结果/find_circ_result自己分析结果")#设置working directory gene_symbol<-read.csv("SFTSV_24vscontrol_circBase_anno.csv",header=F,stringsAsFactors = F)[,11]#读取数据并提取含有gene_symbol的列 library(biomaRt) mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl")小鼠选择mmusculus_gene_ensembl gene_id<-getBM(attributes=c("external_gene_name","ensembl_gene_id"),filters = "external_gene_name",values = gene_symbol, mart = mart)#将输入的filters设置未external_gene_name(也就是gene_symbol),将输出的attributes设置为external_gene_name和emsembl_gene_id write.table(gene_id,"SFTSV_24vscontrol_circBase_anno_gene_id.txt",row.names = F,col.names=F,quote=F) - https://www.cnblogs.com/yanjiamin/p/12054879.html ↩︎
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